Le parcours est organisé autour de 23 vitrines, consacrées à l’évolution du port, à ses activités et à la culture des gens de mer. Les maquettes de bateaux permettent de comparer les formes et les usages des navires ; les cartes et gravures montrent l’évolution de l’espace portuaire ; les objets de bord renseignent sur les conditions matérielles de navigation.
Honfleur fut un port de pêche, de grand commerce et de construction navale. Étudier ces métiers ensemble est plus instructif que regarder les bateaux comme des objets de collection : un navire de pêche, un bâtiment marchand et un navire engagé dans la guerre de course ne remplissent pas les mêmes fonctions et ne dépendent pas des mêmes réseaux économiques.
Le parcours aborde aussi le trafic passager, la guerre de course et la traite négrière. Cette dernière ne peut pas être réduite à une catégorie commerciale parmi d’autres : elle reposait sur l’asservissement de personnes et sur leur transport forcé dans le cadre de la traite transatlantique. Une visite attentive doit relier les objets et les cartes aux vies humaines concernées, et ne pas confondre prospérité du port et bénéfices partagés par tous.
Les pièces exposées résultent de dons et legs. Comme dans beaucoup de musées d’histoire locale, le regard porté sur le passé dépend donc aussi des objets que les familles ont conservés et choisi de transmettre.