Le parcours muséographique est organisé sur deux niveaux, avec sept salles consacrées à l'exposition permanente, deux salles temporaires et une salle de projection. La scénographie suit un itinéraire à la fois historique et thématique. Maquettes, objets, panneaux, films et bornes multimédias replacent les livres dans leur époque. Le musée lui-même, contemporain et installé à l'intérieur de fortifications médiévales, joue de la pente du terrain pour suggérer une ascension vers le Mont.
Une partie essentielle concerne la fabrication du livre : la transformation des peaux en parchemin, les encres, la calligraphie et l'enluminure. Les dispositifs de manipulation et les ressources numériques permettent de comprendre ce que l'on ne peut pas essayer sur les œuvres fragiles elles-mêmes. Les enfants disposent aussi d'activités autour de l'écriture, de la couleur et du décor des lettres.
Au terme du parcours, la salle du Trésor présente des manuscrits originaux. Une rotation des pièces exposées permet de varier les présentations en préservant les documents. Le musée annonce une présentation commentée de douze manuscrits le premier mercredi de chaque mois à 16 h, à vérifier pour la date souhaitée. L'intérêt n'est donc pas de chercher un ouvrage unique annoncé à l'année : mieux vaut s'intéresser aux méthodes de fabrication et à la diversité des textes.